（一）办公室
    院人事、党务纪检等日常工作；综合协调各部门之间的行政、业务等工作；监督院内部各项管理制度正常执行；院内部考核、考评工作；承担文秘、文印、档案、图书、政务信息、技术职称管理、以及离退休职工管理工作；负责安全保卫、物业管理、车辆管理、对外接待及会议服务工作；固定资产管理及物品（网络、电脑及配件除外）采购；完成院领导交办的任务；完成院下达的年度考核任务。
（二）计划财务室
    履行国家、省、市的各项财政政策；本单位的资金安全以及业务活动中的财务监督；编制年度财务预算和结算报表以及财务月报表；承担各类业务项目资金的核算、日常经费的运行管理；社保、医保、失业保险、住房公积金管理；业务合同、业务项目的日常管理及印章管理；负责绩效工资的核算；完成院领导交办的任务；完成院下达的年度考核任务。
（三）总工程师办公室
    各项业务的技术审核、审定及环评文件质量考核；院ISO9001质量保证体系的运行管理；院学术、技术交流工作；各项资质的申报、年检工作及个人执业资质管理；实验室管理、监测分析；网络运行管理以及计算机设备管理工作；技术资料收集以及技术资料库的管理；完成院领导交办的任务；完成院下达的年度考核任务。
（四）环境政策与规划研究所
    科研项目管理；开展环境管理政策研究、环境科学技术研究；承担环境保护中长期规划、污染物总量控制及各类生态保护专项规划等工作；完成院领导交办的任务；完成院下达的年度考核任务。
（五）环境工程设计研究所
    承接污染治理工程设计、总承包、运营管理、工程环境监理等工程类业务及竣工验收调查；协助完成环评治理措施相关内容； 负责污染治理工程科研； 负责本部门业务的技术审核； 完成院领导交办的任务；完成院下达的年度考核任务。
（六）环境影响评价研究所
    完成院部交给的规划环评；相关的科研；本部门业务的技术审核；完成院领导交办的任务；完成院下达的年度考核任务。